تضم الكلية عدداً من المراكز العلمية البحثية، التي تقوم بتنفيذ مجموعة من المشروعات البحثية ذات الصلة بمعالجة الأمراض الوبائية والمستعصية، وذلك كمساهمة عملية من جامعة العلوم والتقانة في توفير القدرات العلاجية المتقدمة للمواطنين.
تشمل قائمة المراكز مركز أبحاث الأنسجة والخلايا ، ومركز أبحاث الإيدز، ومركز أبحاث الملاريا. حيث تمكنت كلية الطب بالتعاون مع كلية علوم المختبرات الطبية من عقد مؤتمرين عالميين، حول سرطان عنق الرحم، شارك فيهما علماء ومتخصصون من جامعات ومراكز ومنظمات عالمية، بالإضافة إلى العلماء السودانيين.
كما أنشأت كلية الطب مركزاً لتطوير أعضاء هيئة التدريس، بهدف رفع القدرات العلمية والتقنية لأساتذة الكلية، كما يساهم أعضاء هيئة التدريس بالكتابة العلمية في إصدارات الجامعة العلمية ” المجلة السودانية للعلوم والتقانة”، وهي مجلة أكاديمية محكمة ، ومجلة “عالم التقانة” للتنوير والتثقيف العام.
يضم هيكل كلية الطب مجموعة من المستشفيات التعليمية المخصصة لتدريب طلاب كلية الطب بجامعة العلوم و التقانة وهي:
- مستشفى البلك التخصصي للاطفال.
- مستشفى النو التخصصي، ويضم سبعة تخصصات هي: الطب الباطن، والجراحة، والعظام، والعيون، والأنف والأذن والحنجرة، وقسم الرعاية الصحية، والعيادة النفسية.
- المستشفى السعودي لأمراض النساء والتوليد.
- مستشفى التقانة التعليمي الخيري للأسنان.
- مستشفى Royal Care.